10月28日，华大智造公布2023年第三季度财报，第三季度营业收入7.6亿元，同比下降18.15%；归属于上市公司股东的净利润为-9974.87万，同比下降105.94%；归属于上市公司股东的扣除非经常性损益的净利润-1.076亿元，同比下降344.39%；基本每股收益-0.24元，同比下降105.47%。研发投入合计2.1亿元，同比增加8.39%。截至报告期总资产为109.44亿元。
2023 年前三季度，累计营收22.38亿元，同比下降33.01%，其中主营业务收入 21.93亿元；归属于上市公司股东的净利润为-1.98亿元，同比下降109.78%；归属于上市公司股东 的扣除非经常性损益的净利润-2.43亿元，同比下降162.84%。基本每股收益-0.48元，同比下降108.91%。财报显示，营业收入下降的主要原因是同期自动化产品需求萎缩。归属于上市公司股东的净利润原因包括：1、收入下降，整体毛利贡献额下降； 2、上年同期收到 Illumina 支付的 3.25 亿美元净赔偿费； 3、加大研发投入导致研发费用增加； 4、加速海外市场拓展导致本地化建设投入增加。 前三季度研发总投入6.42亿元，同比增加22.24%。
前三季度，各主营业务板块中，基因测序仪业务板块实现收入17.29亿元，同比增长 31.47%。基因测序仪业务板块按照产品类型划分，仪器设备实现收入6.7亿元，同比增长 15.63%；试剂耗材实现收入 10.26亿元，同比增长42.92%；其他收入实现3,184.52 万元，同比增长89.64%。
基因测序仪业务板块在全球四大区域均实现增长，按照收入地区划分，中国大陆及港澳台地区实现收入10.83亿元，同比增长 21.19%；亚太区实现收入2.88亿元，同比增长 34.12%；欧非区实现收入 2.56亿元，同比增长 68.76%；美洲区实现收入 1亿 元，同比增长 85.83%。
2023 年前三季度，公司各型号基因测序仪全球新增销售装机超 640 台，截至报告期末，公司累计销售装机数量超 3,100 台。
2023年第三季度，华大智造“一种用于基因测序仪的光学系统”荣获第二十四届中国专利金奖，这是目前基因测序领域的首个专利金奖。