2020年,万众瞩目的第14届国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上,横空出世的人工智能——AlphaFold2一举夺冠, 解决了困扰众多科研人员半个世纪的蛋白质结构预测难题。对整个专业领域而言,其影响不亚于原子弹爆炸成功。
而AlphaFold2对蛋白质结构的成功预测,也为蛋白质结构设计领域带来了“曙光”。
具体而言,AlphaFold2解决了从一维到三维的蛋白质结构高精度预测问题,也令科学界亟待攻坚的方向转为了如何根据功能要求确定三维结构,从而设计出相应蛋白序列。蛋白预测和蛋白设计,这一互为逆问题的硬币两面,成为了生物科技下一次爆发的关键所在。
就在蛋白质结果预测和设计的火热浪潮中,上海智峪生物科技有限公司(简称“智峪生科”)横空出世。
成立于2021年4月智峪生科,目前已自主打造了完整蛋白质结构预测、设计、生产体系,以此开展药物辅助研发及合成生物学业务。成立不到一年,公司便连续获得了由鼎晖投资和朗煜投资领投的天使轮和高瓴创投领投的Pre-A轮融资。
就在近日,智峪生科再次迎来公司发展的重要里程碑时刻,在人工智能结合蛋白质研究领域全球顶级学者、曾在腾讯AI Lab担任高级研究专家的王晟博士,正式以CEO的身份加入智峪生科。据悉,在持续精进公司蛋白结构预测及设计业务的同时,王晟博士的加入也将开启智峪生科基于现有技术拓展合成生物学边界的道路,“为生物科技带来一场看得见的革命”。
作为公司天使轮投资领投机构代表,鼎晖投资高级合伙人柳丹博士表示:“过去一年中智峪生科已取得了令人惊喜地长足发展,公司产品部分性能已经超越了AlphaFold2,在蛋白质结构预测、特别是应用转化落地领域走在了全球前列。王晟博士的加入,更使得智峪生科在对蛋白质分子机器设计应用领域如虎添翼,加速抗原、抗体、酶和细胞因子等合成生物学方面的应用。”
智峪生科CEO王晟博士
东半球蛋白质结构预测“冠军”加盟
王晟博士的故事,同样源于国际蛋白质结构预测的顶级赛事——CASP。
这一利用计算预测蛋白质结构竞赛始于1994年,如今已成为评估预测技术的“金标准”,也是这一领域交流新技术的国际平台。正因如此,在业内人士看来,两年一届的CASP竞赛,其激烈程度无异于“高考”,而取得最佳成绩的团队也可类比为行业中的“状元”。
就是在2016年,王晟博士凭借其为主要开发者的RaptorX-Contact方法,在蛋白质接触矩阵的预测上得分居于首位。
4年后,第14届CASP上,已入职腾讯AI Lab担任高级研究专家的王晟博士,携其牵头打造的蛋白结构预测方法 tFold卷土重来,再次斩获了蛋白接触图预测这一细分项目的第一名。在分量最重,也最受关注的3D结构预测比赛中,王晟博士带领的tFold团队在没有使用大量的基础序列数据库的情况下,仅以微弱劣势获得组别第四,也成为除欧美地区外,整个东半球排名第一的队伍。
而在另一项每周一次的全球持续蛋白质结构预测竞赛CAMEO上,王晟博士带领的团队也曾自2020年6月起连续半年取得冠军。
在国际头部赛事中屡获佳绩,足以证明王晟博士在通过AI解决蛋白质结构问题的强大实力。
公开信息显示,王晟博士2005年毕业于上海交通大学生命科学院,2010年于中国科学院理论物理所取得博士学位,之后分别在芝加哥大学TTIC,以及KAUST从事研究工作。2019 年回国后,在腾讯 AI Lab 担任高级研究专家。现下,这位业内翘楚正式加入智峪生科。
智峪生科CTO、国内第一梯队的蛋白质设计专家熊鹏博士表示,王晟博士的加入,将为整个公司的技术演进提供更为前沿、更具全球化视野的指引。公司基于蛋白质结构预测、设计开展的药物研发辅助及合成生物学业务,也将得到更高层次的技术支持。以AI技术为基础,公司有望在王晟博士的带领下快速成长为领先的合成生物学技术及产品提供商。
“为生物科技带来一场看得见的革命”
梧桐引凤,行业领军者的加入,也必然意味着智峪生科在蛋白质结构预测与设计层面拥有不俗实力。
公开信息显示,智峪生科在2021年4月正式成立,专注于蛋白结构预测和设计技术并应用于靶点发现、药物设计、酶工程、生物合成催化等领域,提供药物研发辅助与合成生物学产品研发生产服务。
在药物研发领域,药物发现阶段的痛点在于高效与高精度的靶点发现、苗头化合物筛选、以及先导化合物优化。对此,智峪生科基于大数据与AI的蛋白结构预测以及蛋白-配体结合能计算与优化,可以显著提升药物发现阶段的效率。目前,公司就已为近30家客户完成30W+个蛋白质结构预测及研发辅助服务。
而在更为前沿的合成生物学领域,产业层结构主要分为三层,国内企业基本上都集中在工具层和部分应用层。而产业壁垒较高的软件/硬件层,尤其是涉及到关键核心的元件设计软件与大数据机器学习,国内企业很少涉及。
面对这一空白,智峪生科打造蛋白质结构预测及研发辅助设施峪云ZCloud;搭建蛋白结构计算一站式工程化解决方案智山ZPod;建设高通量自动化湿实验平台智汇ZBot,显著提升药物设计的成功率,形成一个集基础设施、蛋白设计服务、合成生物品三位一体的全产业链高新科技企业。
基于上述业务及技术领域的快速推进,成立于2021年4月的智峪生科便连续获得了由鼎晖投资和朗煜投资领投的天使轮和高瓴创投领投的PreA轮融资。
竞争壁垒的构筑更有赖于核心人才团队的打造。目前智峪生科就汇聚了来自各研究机构和高等院校的优秀人才,中科院、中科大、南洋理工、深圳先进院、浙大等科研机构的博士共同参与团队项目开发,此外还有港中大深圳、复旦、中科院学术带头人提供学术科研支持与合作支持。
而王晟博士的加入,更令智峪生科的发展脉络愈加清晰。
据王晟博士透露,未来智峪生科云计算服务平台还将加入全自动高通量虚拟筛选、基于结构的小分子生成、全自动高性能自由能微扰、小分子属性预测等药物研发新服务。
“每一个模块都是生物科技研究过程中的一个特定步骤,我们希望通过自研的服务平台将每一个步骤串联起来,帮助生物医药企业一键完成新药研发前的蛋白质相关研究工作。后续药企只用参照计算结果,即可顺畅完成药物发现的工作。”王晟博士表示。
而在王晟博士国际领先的AI技术加持下,智峪生科所主攻的蛋白质结构问题更得到进一步的破解,也为公司合成生物学业务推进夯实了基础。
实际上,在王晟博士加入后,智峪生科更进一步完善了公司蛋白质结构预测、设计和生产的全产业价值链闭环服务。
在上游端,依靠强悍的蛋白质结构预测和设计能力,智峪生科可以根据客户的需求解决成药过程中的痛点难题,也为公司自身合成生物学产品打造绘制了精准的“蓝图”;在下游端,公司也掌握了包括放大、工艺研发、菌种设计、代谢工程在内的种种生产工艺,依照上游产出的预测及设计结果不断探索合成生物学边界。另外,下游端产生的数据也能够反过来指导设计端去设计更好的蛋白序列。
按照王晟博士的设想,一方面,智峪生科将继续为广大生物医药企业提供新药研发过程中的蛋白质预测与设计服务,夯实计算领域CRO公司的基础;另一方面,公司也将基于已有的技术优势开拓合成生物学业务。“比如创造出自然界原本不存在的酶,利用其可能的催化反应解决全球的能源危机,完成对化学工业领域的颠覆。这些过去不敢想的事情,都是可以基于蛋白质预测及设计这一微小端口实现的。”
谈到对未来的看法,王晟博士兴奋的表示:“希望通过计算理解生命、通过合成改进生命、通过设计重构生命,我们的目标是成为世界领先的合成生物学技术及产品提供商,为生物科技带来一场看得见的革命。”