通常情况下，在进行全面规范的检测时，微生物污染只是乳制品安全检测众多项目中的一个，像农药残留、重金属残留以及添加剂等都是乳制品安全事件中经常碰到的问题。
其实为了解决乳及乳制品行业的市场安全“乱象”，早在2008年三聚氰胺事件之后，我国就制定并颁布了多项乳业监督管理条例包括《乳品质量安全监督管理条例》、《奶业整顿和振兴规划纲要》等。并且在卫生部、工商局、质检局、食品药品监督局、疾病预防控制中心及中国奶业协会等多个部门和协会的共同配合下，前后发布了多项与乳品安全相关的标准。
法律监管体系完善之后，检测技术当然也要跟上去。近年来，伴随着食品、医药等其它行业检测技术的不断进步，乳制品的检测技术也得到了长足发展。对于乳制品中经常出现的农药及兽药残留、重金属残留的问题，都已经有了相当规范的检测方法和体系。
农药及兽药残留
在很多不合格的食品检测中，农兽药残留都是一个挥之不去的阴影。农药兽药残留问题不仅影响农业生产，同样影响着乳制品。农业生产过程中常常会发生病虫草害，所以就需要用利用农药来进行预防和救治，这也是无法避免的，但由于一些人缺乏对农药残留问题的科学认知，过度使用农药，污染了土地和作物，进而影响到乳及乳制品的安全性。另一方面，一些奶户为了提高奶牛的抵抗力，违法使用过量的兽药和各种抗生素，这都是农兽药残留超标的重要原因。
乳制品中农兽药残留的检测方法有传统微生物检测法、免疫检测法、理化检测法、TTC法等，理化检测方法是利用相关的仪器对样品进行定性定量分析，具有快速准确的优势，现已成为乳制品及各种食品主要的检测方法。液相色谱、气相色谱一质谱联用仪和液相色谱一质谱联用仪等就是理化检测中通常会用到的仪器。
重金属污染
重金属污染是由于奶牛摄入、饮用重金属含量较多的饲料和水，将其代谢到牛奶中而形成的。在乳制品的重金属污染中，铅、铬、镉、汞以及砷等具有明显生物毒性的重金属都是被人们广泛所关注的，这些物质进入人体后会产生生物富集现象，慢慢危害人体健康。因此，对于乳制品的重金属元素进行检测是非常必要的。目前，测定乳制品中重金属的常见方法有胶体金免疫层析法、分光光度法、原子吸收法和电感耦合等离子体质谱检测法等。
无论是在乳制品的重金属检测中还是在农兽药残留检测中，检测前都要对样本进行前处理，以消除基质干扰、保护仪器，提高样品检测方法的灵敏度和准确性，实验中常用的固相萃取技术、固相微萃取技术、分子印迹技术、凝胶层析及加速溶剂提取等技术，都可以对乳制品进行高效快速的前处理，为检测工作做好准备。
不可否认的是，乳制品在我们日常的饮食结构中还是占了相当一部分比例的，但同时它也是较容易出现安全事故的食品之一。所以为了国民的安全考虑，利用各种先进技术和设备把控乳制品品质，清除我国乳业的“不安全”标签，仍然是我国乳制品监管行业的重任。